【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【まとめ】脳MRI画像解析入門

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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

  • 作者:斎藤勇哉
  • 発売日: 2020/11/30
  • メディア: Kindle版

はじめに

1. 脳画像解析の準備

2. 脳画像解析の実践

2.1. Viewer

2.2. 前処理

2.2.1. データ準備
2.2.2. 構造MRI
2.2.3. 拡散MRI
2.2.5. 機能的MRI
2.2.6. その他
  • 画像の位置合わせ ~Registration~(Software/Command: FSL/flirt, fnirt)
  • 定量値の算出 ~Sampling~(Software/Command: FSL/fslstats)
  • マスク画像の作成(Software: MRIcron)
  • マスク画像の作成(Software: FSL)
  • 画像の切り取り・マスキング ~Masking~(Software/Command: FSL/fslmaths)
  • 4D画像から3D画像を抽出(Software/Command: FSL/fslroi)

2.3. 定量値

2.3.1. 構造MRI
  • 脳構造および脳容積の解析(Software/Command: FreeSurfer/recon-all -all)
2.3.2. 拡散MRI
  • 拡散テンソルイメージング: DTI(Software/Command: FSL/dtifit)
  • 拡散テンソルイメージング: DTI(Software/Command: MRtrix/dwi2tensor, tensor2metric)
  • 拡散テンソルイメージング: DTI(Software/Command: DIPY/dipy.reconst.dti)
  • 拡散尖度イメージング: DKI(Software/Command: DIPY/dipy.reconst.dki)
  • プログラミングなしで拡散テンソルイメージングと拡散尖度イメージング(Software: DKE)
  • 神経突起イメージング: NODDI(Software: Python)
  • 自由水イメージング: FWI(Software/Command: DIPY/dipy.reconst.fwdti as fwdti)
  • トラクトグラフィー: Tractography(Software/Command: MRtrix/tckgen)
  • トラクトグラフィー: Tractography(Software/Command: FSL/XTRACT)
2.3.3. 機能的MRI
2.3.4. その他

2.4. 統計解析

  • Tract-Based Spatial Statistics: TBSS (Software: FSL)
  • Gray matter-Based Spatial Statistics: GBSS (Software: FSL)
  • Fixel-Based Analysis: FBA (Software: MRtrix)
  • Voxel-based morphometry: VBM (Software: FSL)
  • FMRIB's Linked Independent Component Analysis (FLICA)

2.5. ROI解析

2.6. 脳画像解析における結果のまとめ方

2.6.1. 図(Figure)作成
2.6.2. 評価指標
2.6.3. 知っておくと後々幸せになるかもシリーズ

3. 機械学習

4. 脳画像解析の研究例

【解析内容(予定)】 TBSS, TSA, VBM, neural activation, CONN, FreeSurfer, MRtrix, ANTs, FSL


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