【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【脳MRI画像解析入門】RF/B1バイアス(信号ムラ)補正

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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

  • 作者:斎藤勇哉
  • 発売日: 2020/11/30
  • メディア: Kindle版

目的

  • RF/B1バイアス(信号ムラ)補正

コマンド

ここでは、FreeSurferの関数であるAntsN4BiasFieldCorrectionFsコマンドを用いて、信号ムラ補正をする。

AntsN4BiasFieldCorrectionFsは、ANTsの関数である"AntsN4BiasFieldCorrection"を基にしたものであり、補正アルゴリズムとしては、ANTs由来のものである。

AntsN4BiasFieldCorrectionFsコマンドのヘルプは次の通り。

               Help

NAME
    AntsN4BiasFieldCorrectionFs

SYNOPSIS
    AntsN4BiasFieldCorrectionFs [options] -i <invol> -o <outvol>

DESCRIPTION
    Runs N4 (nonparameteric, nonuniform normalization) retrospective bias 
    correction on an image. This programs wraps the 
    AntsN4BiasFieldCorrection utility available in the ANTs package (see 
   http://stnava.github.io/ANTs).

REQUIRED FLAGGED ARGUMENTS
    -i, --input invol
        input volume file

    -o, --output outvol
        corrected volume file

OPTIONAL FLAGGED ARGUMENTS
    --shrink
        resample factor to decrease computation time (default is 4)

基本的な使い方は、次の通り。

AntsN4BiasFieldCorrectionFs -i <入力画像> -o <出力画像>

使用例

補正前の3D-T1WI(T1w.nii.gz)に対して、信号ムラ補正をする。

AntsN4BiasFieldCorrectionFs -i T1w.nii.gz -o T1w_biascorrected.nii.gz

処理が完了すると、補正後の3D-T1WI(T1w_biascorrected.nii.gz)が出力される。

ls
T1w.nii.gz    T1w_biascorrected.nii.gz

結果

補正前(上)と補正後(下)を比較すると次の通り。

補正前では頭頂部で比較的低信号、深部灰白質で比較的高信号だったのが、補正後に均一になっている。

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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

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  • 作者:斎藤勇哉
  • 発売日: 2020/11/30
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