【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【脳画像表示ソフト】MRIcronのインストールと使い方

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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

  • 作者:斎藤勇哉
  • 発売日: 2020/11/30
  • メディア: Kindle版

目次

目的

  • MRIcronのインストールと使い方

使用するソフトウェア

Chris Rorden氏が配布しているMRIcronを用いる。

こちらのリンクから自身のPCのOSにあったものをインストールする。

インストール&圧縮解凍するとmricronフォルダできる。mricronフォルダ内のファイルは次の通り。

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使い方

GUI版

mricronフォルダ内の「mricron.ext」をダブルクリックしてMRIcronを起動する。

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MRIcronを起動すると、次のようなウィンドウが表示される。

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まず、下地となる画像をMRIcronで開く。画像を開くには、左上のタブ「File」から「Open」を選択。画像ファイルをMRIcronにドラッグ&ドロップしても開ける。

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開きたい画像を選択する。ここでは、DWIである「DWI.nii.gz」を選択する。

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DWIである「DWI.nii.gz」を選択すると、次のように「4DであるDWIの内、どのVolumeを開くか」ということを聞かれる。ここでは、b=0にあたる1 volume目を選択する。

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以上の作業を終えると、次のようにDWIの内b=0の画像が表示される。

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CUI版

コマンドラインでは、次のようなコマンドを実行し、画像を表示する。

mricron <NIfTIのPATH>

mricronコマンドのオプションは、こちらのサイトを参考に。

MRIcronの機能について

画像の重ね合わせ(Overlay)

ツールタブの「Ovelay/Add」を選択。あるいは、「Ctrl + A」を押す。

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Overlayしたい画像を選択。

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Overlayしたい画像を選択すると、画像を重ね合わせて表示することができる。

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画像の透明度の変更

下地を構造MRI画像、Overlayする画像をLabelにする場合で、Labelの透明度を上げて画像を確認したい場合。

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赤枠の画像がoverlayしている画像であることを確認し、ツールタブの「Overlay/Transparency on background」から透明度を設定。

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ROI作成

「Pen Tool」f:id:AIProgrammer:20201109164711p:plainをActiveにして、ROI作成モードにする。この状態で、左クリックを押しながら、ドラッグすることでROIが作成できる。MRIcronにおけるROI作成で基本的な使い方は、次の通り。

  • 基本的なROI作成: 左クリック + ドラッグ
  • FillするようにROI作成: 右クリック(Ex. 左クリック + ドラッグで円を作り、円の内側を右クリックすることで塗りつぶす)
  • 消去: shift + 左クリック + ドラッグ
  • ROIの透明度: タブ「Overlay」の「Transparency on background」や「Transparency on overlay」で変更
  • 保存: タブ「Draw」の「Save VOI...」から保存
  • 開いているROIを閉じる: タブ「Draw」の「Close VOI..」
  • 既に作成したROIを開く: タブ「Draw」の「Open VOI..」

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作成したVOIを保存するには、タブ「Draw」の「Save VOI...」を選択。

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名前を付けて保存。ここでは、各被験者のseed image (ROI)を「tract」フォルダに保存する。

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新たに他の被験者のseed imageを作成する際には一度、開いているROIを閉じる(タブ「Draw」の「Close VOI..」)。

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既に作成したROIを開くには、タブ「Overlay」から「Add」を選択し、開きたいROIを選択。

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既に作成したROIを修正したい場合には、タブ「Draw」から「Open VOI...」を選択し、修正したいROIを開く。この開き方をすれば、「Pen Tool」f:id:AIProgrammer:20201109164711p:plainをActiveしてROIを修正できる。

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ROIを使った記述統計量の計測

作成したROIを用いて計測をしたい場合、ツールタブの「Draw/Descriptive」を選択。

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新しいウィンドウが開き、ROI内で計測されたVolume(cc), min, mean, max, SDが計算される。

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Intensity Filterを使ったMaskの作成

ツールタブの「Draw/Intensity filter」を選択。あるいは、「Ctrl + I」を押す。

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Thresholdを設定する。設定ができたら「Save highlighted as NIfTI or VOI」を選択して保存する。

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保存した画像を開くと、maskされた画像が表示される。

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画像の二値化

ツールタブの「Draw/Advanced/Brain mask」を選択し、ファイル名を指定して保存。

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二値化された画像が、保存される。

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