【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【脳画像前処理】DICOMをNIfTIに変換

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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

  • 作者:斎藤勇哉
  • 発売日: 2020/11/30
  • メディア: Kindle版

目次

目的

  • DICOMをNIfTIに変換

使用するソフトウェア

Chris Rorden氏が配布しているdcm2niiを用いる。

こちらのリンクから自身のPCのOSにあったものをインストールする。

インストール&圧縮解凍するとmricronフォルダできる。mricronフォルダ内のファイルは次の通り。

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使い方

GUI版

mricronフォルダ内の「dcm2niigui.exe」をダブルクリックしてdcm2niiを起動する。

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dcm2niiを起動すると、次のようなウィンドウが表示される。「Output Format:」はDICOM変換後の画像形式(フォーマット)のことである。

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NIfTI変換を実行するには、DICOMが入ったフォルダをdcm2niiにドラッグ&ドロップする。生成されたNIfTIは、ドラッグ&ドロップしたDICOMフォルダに保存される。拡散MRIの解析をする場合、Output Formatを「Compressed FSL (4D NIfTI nii)」にしておくとよい。

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CUI版

コマンドラインでは、dcm2niiによるNIfTI変換を次のようなコマンドで実行する。

dcm2nii <DICOMの入ったフォルダのPATH>

dcm2niiのオプションは、こちらのサイトを参考に。


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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

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  • 作者:斎藤勇哉
  • 発売日: 2020/11/30
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