【脳画像前処理】DICOMをNIfTIに変換

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

目次

目的

• DICOMをNIfTIに変換

使用するソフトウェア

Chris Rorden氏が配布しているdcm2niiを用いる。

こちらのリンクから自身のPCのOSにあったものをインストールする。

インストール&圧縮解凍するとmricronフォルダできる。mricronフォルダ内のファイルは次の通り。

使い方

GUI版

mricronフォルダ内の「dcm2niigui.exe」をダブルクリックしてdcm2niiを起動する。

dcm2niiを起動すると、次のようなウィンドウが表示される。「Output Format:」はDICOM変換後の画像形式（フォーマット）のことである。

NIfTI変換を実行するには、DICOMが入ったフォルダをdcm2niiにドラッグ&ドロップする。生成されたNIfTIは、ドラッグ&ドロップしたDICOMフォルダに保存される。拡散MRIの解析をする場合、Output Formatを「Compressed FSL (4D NIfTI nii)」にしておくとよい。

CUI版

コマンドラインでは、dcm2niiによるNIfTI変換を次のようなコマンドで実行する。

dcm2nii <DICOMの入ったフォルダのPATH>

dcm2niiのオプションは、こちらのサイトを参考に。

頑張れ！、喝!!の代わりにB!ブックマークを押していただけるとただただうれしいです(^^)! ↓

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門