
- 作者:斎藤勇哉
- 発売日: 2020/11/30
- メディア: Kindle版
目的
- FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip
必要なデータ
- T1.nii.gz: 3D-T1WI
$ ls
T1.nii.gz
実行
fslreorient2std
でMNI152のOrientationに合わせるrecon-all
のオプション-autorecon1
で3D-T1WIのSkull Stripまで実行- FreeSurferのSkull Stripでは、Skull Strip後のマスク(mri/brainmask.mgz)が出力されるので、それを前処理済みの3D-T1WI(mri/T1.mgz)に適応
- rT1_brain.nii.gzがSkull Stripされた画像(OrientationはMNI152)
SUBJECTS_ID=Subj001 SUBJECTS_DIR=. fslreorient2std T1 rT1 recon-all -i rT1.nii.gz -subjid $SUBJECTS_ID -autorecon1 mri_mask ${SUBJECTS_DIR}/${SUBJECTS_ID}/mri/T1.mgz ${SUBJECTS_DIR}/${SUBJECTS_ID}/mri/brainmask.mgz temp1_T1_brain.nii.gz mrtransform temp1_T1_brain.nii.gz temp2_T1_brain.nii.gz -template rT1.nii.gz fslreorient2std temp2_T1_brain rT1_brain rm temp[12]_T1_brain.nii.gz
複数人に対する処理
フォルダ内は100人分のデータがある。
$ls
Subj001.nii.gz
Subj002.nii.gz
Subj003.nii.gz
...
Subj100.nii.gz
以下のコマンドで並列処理。
SUBJECTS_DIR=. # Pre processing \ls | grep nii.gz | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ fslreorient2std {} r{} # Main processing \ls | grep nii.gz | grep ^r | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ recon-all -i r{}.nii.gz -subjid {} -autorecon1 # Post processing \ls | grep nii.gz | grep ^r | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ mri_mask ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/T1.mgz \ ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/brainmask.mgz \ ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/temp1_T1_brain.nii.gz \ls | grep nii.gz | grep ^r | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ mrtransform ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/temp1_T1_brain.nii.gz \ ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/temp2_T1_brain.nii.gz \ -template ${SUBJECTS_DIR}/{}.nii.gz \ls | grep nii.gz | grep ^r | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ fslreorient2std ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/temp2_T1_brain.nii.gz \ ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/rT1_brain \ls | grep nii.gz | grep ^r | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ rm ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/temp[12]_T1_brain.nii.gz \ls | grep nii.gz | grep ^r | sed "s|.nii.gz||g" | xargs -P 40 -i \ cp ${SUBJECTS_DIR}/{}/mri/rT1_brain.nii.gz ${SUBJECTS_DIR}/{}_brain.nii.gz
前処理していないオリジナルのT1WIにマスク処理してSkull Stripする場合
前処理していないオリジナルのT1WIにマスク処理してSkull Stripする場合、次のコマンドを実行。
epi_reg
がうまくいかない場合は、こちらの手法を利用。
SUBJECTS_ID=Subj001 SUBJECTS_DIR=. # 前処理していないオリジナルのT1WIにマスク処理してSkull Strip mri_label2vol --seg ${SUBJECTS_DIR}/${SUBJECTS_ID}/mri/brainmask.mgz --temp T1.nii.gz --o T1_brain_mask.nii.gz --regheader ${SUBJECTS_DIR}/${SUBJECTS_ID}/mri/brainmask.mgz fslmaths T1_brain_mask -bin T1_brain_mask fslmaths T1 -mul T1_brain_mask T1_brain
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- 作者:斎藤勇哉
- 発売日: 2020/11/30
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