目的
- DWIからDWIのmaskを生成
- コマンドは、MRtrix3の
dwi2maskを用いる
dwi2maskの使い方
dwi2maskに必要なのは、DWIとその軸情報。NIFTIからMIFに変換する際にb-vectorやb-valueといった軸情報を織り込んでいれば-fslgrad <bvecs> <bvals>の指定は必要ない。
$ dwi2mask -fslgrad <bvecs> <bvals> input output
データ準備
次のようなデータがあったとする。dwi.nii.gzがDWIデータでその他のbvals/bvecsが軸情報。
$ ls
bvals bvecs dwi.nii.gz
dwi2maskを実行するには次のコマンドを実行する。
$ dwi2mask -fslgrad bvecs bvals dwi.nii.gz nodif_brain_mask.nii.gz
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