【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【脳画像解析】DWI maskの作り方

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目的

  • DWIからDWIのmaskを生成
  • コマンドは、MRtrix3のdwi2maskを用いる

dwi2maskの使い方

dwi2maskに必要なのは、DWIとその軸情報。NIFTIからMIFに変換する際にb-vectorやb-valueといった軸情報を織り込んでいれば-fslgrad <bvecs> <bvals>の指定は必要ない。

$ dwi2mask -fslgrad <bvecs> <bvals> input output 

データ準備

次のようなデータがあったとする。dwi.nii.gzがDWIデータでその他のbvals/bvecsが軸情報。

$ ls
bvals  bvecs  dwi.nii.gz 

dwi2maskを実行するには次のコマンドを実行する。

$ dwi2mask -fslgrad bvecs bvals dwi.nii.gz  nodif_brain_mask.nii.gz



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