
- 作者:斎藤勇哉
- 発売日: 2020/11/30
- メディア: Kindle版
目次
目的
- BEDPOSTXの利用方法の取得
BEDPOSTX
BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。
さらに、ファイル名は次のようにしておく必要がある。
Sub001/ ├── bvals # DWIのGradient Table ├── bvecs # DWIのGradient Table ├── data.nii.gz # DWI └── nodif_brain_mask.nii.gz # b=0のマスク
BEDPOSTXは、次のコマンドで実行できる。
bedpostx Sub001
# Usage: bedpostx <subject directory> [options]
例
次のように、データを用意する。
$ tree HC003/ HC003/ ├── HC003.bval # DWIのGradient Table ├── HC003.bvec # DWIのGradient Table ├── drHC003.nii.gz # DWI └── maskdrHC003.nii.gz # b=0のマスク
この時、BEDPOSTXを実行するために必要なファイルが揃っているかをbedpostx_datacheck
で確認することができる。
$ bedpostx_datacheck HC003/ HC003//data does not exist HC003//nodif_brain_mask does not exist num lines in HC003//bvals cat: HC003//bvals: No such file or directory 0 num words in HC003//bvals cat: HC003//bvals: No such file or directory 0 num lines in HC003//bvecs cat: HC003//bvecs: No such file or directory 0 num words in HC003//bvecs cat: HC003//bvecs: No such file or directory 0
ファイル名を修正。
tree HC003 HC003/ ├── bvals ├── bvecs ├── data.nii.gz └── nodif_brain_mask.nii.gz
再度、bedpostx_datacheck
を実行する。
$ bedpostx_datacheck HC003/ HC003//data data_type INT16 dim1 120 dim2 120 dim3 84 dim4 137 datatype 4 pixdim1 1.700000 pixdim2 1.700000 pixdim3 1.700000 pixdim4 0.000000 cal_max 0.000000 cal_min 0.000000 file_type NIFTI-1+ HC003//nodif_brain_mask data_type INT16 dim1 120 dim2 120 dim3 84 dim4 1 datatype 4 pixdim1 1.700000 pixdim2 1.700000 pixdim3 1.700000 pixdim4 0.000000 cal_max 0.000000 cal_min 0.000000 file_type NIFTI-1+ num lines in HC003//bvals 1 num words in HC003//bvals 137 num lines in HC003//bvecs 3 num words in HC003//bvecs 411
BEDPOSTXデータのチェックができたら、BEDPOSTXを実行する。
$ bedpostx HC003/ subjectdir is /home/neuro/Documents/Yuya_S/temp/bedpostx/bedpostx_dir/HC003 Making bedpostx directory structure Queuing preprocessing stages ...
BEDPOSTXを実行すると、「
$ ls
HC003 HC003.bedpostX
BEDPOSTXで出力されるファイルは次の通り。
- merged_thsamples - 4D volume - Samples from the distribution on theta
- merged_phsamples - 4D volume - Samples from the distribution on phi
- theta and phi together represent the principal diffusion direction in spherical polar co-ordinates
- merged_fsamples - 4D volume - Samples from the distribution on anisotropic volume fraction (see technical report).
- mean_thsamples - 3D Volume - Mean of distribution on theta
- mean_phsamples - 3D Volume - Mean of distribution on phi
- mean_fsamples - 3D Volume - Mean of distribution on f anisotropy
- Note that in each voxel, fibres are ordered according to a decreasing mean f-value mean_dsamples - 3D Volume - Mean of distribution on diffusivity d
- mean_d_stdsamples - 3D Volume - Mean of distribution on diffusivity variance parameter d_std (not produced if --model=1)
- mean_S0samples - 3D Volume - Mean of distribution on T2w baseline signal intensity S0
- dyads - Mean of PDD distribution in vector form. Note that this file can be loaded into FSLeyes for easy viewing of diffusion directions
- dyads_dispersion - 3D Volume - Uncertainty on the estimated fibre orientation. Characterizes how wide the orientation distribution is around the respective PDD.(how is this calculated?)
- nodif_brain_mask - binary mask created from nodif_brain - copied from input directory
結果を確認するには、以下のコマンドを実行。
cd HC003.bedpostX fsleyes mean_fsumsamples.nii.gz \ dyads1.nii.gz -ot linevector -xc 1 0 0 -yc 1 0 0 -zc 1 0 0 -lw 2 \ dyads2_thr0.05.nii.gz -ot linevector -xc 0 1 0 -yc 0 1 0 -zc 0 1 0 -lw 2 \ dyads3_thr0.05.nii.gz -ot linevector -xc 0 0 1 -yc 0 0 1 -zc 0 0 1 -lw 2
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