【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【FSL】TBSSで出た有意領域をマスクとして画像定量値を計測

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目的

ソースコード

TBSSの結果が格納されているフォルダ(「stats」フォルダ)で以下のコードを実行。 この例では、健常群と患者群の2群比較をした結果を用いている。

c1: 患者群 > 健常群
c2: 患者群 < 健常群
の片側検定の結果をまとめている。

手順は次の通りです。

  1. corrected p mapを0.95でしきい処理することで有意差のあった領域のマスクを作成
  2. 1.のマスクを用いて各被験者の画像定量値を計測
  3. skeletonisedされた画像(all[map]skeletonised.nii.gz)とそうでない画像(all_[map].nii.gz)のそれぞれを別々に計測
  4. 計測した結果をまとめる(c?_allmap.txt)
# Calculate diffusion map in significant region.
# tbssFA_tfce_corrp_tstat2.nii.gz

# make result folder
mkdir -p stats_sigmap/original_map stats_sigmap/skeletonised_map

i=0
for map in FA MD AD RD mfat mMDt mADt mRDt mFW ICVF ISOVF OD # select map
do
    i=$(($i + 1))
    echo $map
    # make significant mask
    # C1 (ASD>HC)
    fslmaths tbss${map}_tfce_corrp_tstat1.nii.gz -thr 0.95 -bin tbss${map}_tfce_corrp_tstat1_sigmask.nii.gz
    # C2 (ASD<HC)
    fslmaths tbss${map}_tfce_corrp_tstat2.nii.gz -thr 0.95 -bin tbss${map}_tfce_corrp_tstat2_sigmask.nii.gz
    
    # calc original map (all_[map].nii.gz)
    # C1 (ASD>HC)
    fslstats -t all_${map}.nii.gz -k tbss${map}_tfce_corrp_tstat1_sigmask.nii.gz -M >> stats_sigmap/original_map/c1_${i}_${map}.txt
    # C2 (ASD<HC)
    fslstats -t all_${map}.nii.gz -k tbss${map}_tfce_corrp_tstat2_sigmask.nii.gz -M >> stats_sigmap/original_map/c2_${i}_${map}.txt

    # calc skeletonised map (all_[map]_skeletonised.nii.gz)
    # C1 (ASD>HC)
    fslstats -t all_${map}_skeletonised.nii.gz -k tbss${map}_tfce_corrp_tstat1_sigmask.nii.gz -M >> stats_sigmap/skeletonised_map/c1_${i}_${map}.txt
    # C2 (ASD<HC)
    fslstats -t all_${map}_skeletonised.nii.gz -k tbss${map}_tfce_corrp_tstat2_sigmask.nii.gz -M >> stats_sigmap/skeletonised_map/c2_${i}_${map}.txt
done

# summary result
paste stats_sigmap/original_map/c1_* > stats_sigmap/original_map/c1_allmap.txt
paste stats_sigmap/original_map/c2_* > stats_sigmap/original_map/c2_allmap.txt
paste stats_sigmap/skeletonised_map/c1_* > stats_sigmap/skeletonised_map/c1_allmap.txt
paste stats_sigmap/skeletonised_map/c2_* > stats_sigmap/skeletonised_map/c2_allmap.txt



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