【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

FSLを使った画像確認 QC

目的

FSLを使って処理した画像のQuality Check (QC)をする。

コマンド

slicesdirを使用。

$ slicesdir
Usage: slicesdir [-o] [-p <image>] [-e <thr>] [-S] <filelist>
-o         : filelist is pairs ( <underlying> <red-outline> ) of images
-p <image> : use <image> as red-outline image on top of all images in <filelist>
-e <thr>   :  use the specified threshold for edges (if >0 use this proportion of max-min, if <0, use the absolute value)
-S         : output every second axial slice rather than just 9 ortho slices

実行

フォルダ構造はこの通り。

$ tree
.
├── ad.nii.gz
├── ak.nii.gz
├── fa.nii.gz
├── icvf.nii.gz
├── isovf.nii.gz
├── md.nii.gz
├── mk.nii.gz
├── od.nii.gz
├── rd.nii.gz
├── rk.nii.gz
└── tree.txt

実行してみる。

$ slicesdir *

$ ls
ad.nii.gz  fa.nii.gz    isovf.nii.gz  mk.nii.gz  rd.nii.gz  slicesdir
ak.nii.gz  icvf.nii.gz  md.nii.gz     od.nii.gz  rk.nii.gz

$ ls slicesdir/
ad.png  grota.png  grotd.png  grotg.png  icvf.png    md.png  rd.png
ak.png  grotb.png  grote.png  groth.png  index.html  mk.png  rk.png
fa.png  grotc.png  grotf.png  groti.png  isovf.png   od.png

slicesdirというフォルダができる。 その中のindex.htmlをブラウザで開く。 f:id:AIProgrammer:20200416154601p:plain



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