.mgzから.nii.gzに変換する方法

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

目次

目的

FreeSurferで出力されるファイルには、分画された皮質、白質の画像(VOI)がある。

しかしながら、それらのファイルの拡張子mgzはFreeSurfer特有の拡張子であり、他のソフトウェアとの整合性がない。

そこで、FreeSurferの出力ファイルであるaparc+aseg.mgzの拡張子を.nii.gzに変換する。

実行

変換には、FreeSurferのコマンドであるmri_convertを用いる。

＄ mri_convert aparc+aseg.mgz aparc+aseg.nii.gz

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