FSLを使ったVolumeの一括計測

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門

目次

目的

FSLをつかったVOI (ROI) Volumeの計測。

Volume計算

Volume計算にはFSLコマンドのfslstatsを用いる。 -Vオプションでvoxel数とvolumeを計測できる。

-V : output (for nonzero voxels)

$ fslstats lt_SN_mask.nii -V
529 293.009949

Volumeのみを取り出したい場合は、cutコマンドを用いる。

• -d : 区切り文字を指定
• f : 何個目の要素かを指定

このケースだと、空白(" ")で区切って(-d " ")、2個目の要素(-f2)であるVolumeを抽出。

$ fslstats lt_SN_mask.nii -V | cut -d " " -f2
293.009949

一括で計測する場合

フォルダ構造

3人の被験者がいて、以下のVOIのVolumeを計測する。

• VTA_mask.nii
• lt_SN_mask.nii
• lt_ant_SN_mask.nii
• lt_mid_SN_mask.nii
• lt_pos_SN_mask.nii
• rt_SN_mask.nii
• rt_ant_SN_mask.nii
• rt_mid_SN_mask.nii
• rt_pos_SN_mask.nii

.
├── sub_1
│   ├── 20171007_134045tse3t1Conc1p1Neuromelanins020a1001A.nii
│   ├── MB.nii
│   ├── VTA_mask.nii
│   ├── kiritori.nii
│   ├── lt_SN_mask.nii
│   ├── lt_ant_SN_mask.nii
│   ├── lt_mid_SN_mask.nii
│   ├── lt_pos_SN_mask.nii
│   ├── rt_SN_mask.nii
│   ├── rt_ant_SN_mask.nii
│   ├── rt_mid_SN_mask.nii
│   └── rt_pos_SN_mask.nii
├── sub_2
│   ├── 20171007_134045tse3t1Conc1p1Neuromelanins020a1001A.nii
│   ├── MB.nii
│   ├── VTA_mask.nii
│   ├── kiritori.nii
│   ├── lt_SN_mask.nii
│   ├── lt_ant_SN_mask.nii
│   ├── lt_mid_SN_mask.nii
│   ├── lt_pos_SN_mask.nii
│   ├── rt_SN_mask.nii
│   ├── rt_ant_SN_mask.nii
│   ├── rt_mid_SN_mask.nii
│   └── rt_pos_SN_mask.nii
└── sub_3
├── 20171007_134045tse3t1Conc1p1Neuromelanins020a1001A.nii
├── MB.nii
├── VTA_mask.nii
├── kiritori.nii
├── lt_SN_mask.nii
├── lt_ant_SN_mask.nii
├── lt_mid_SN_mask.nii
├── lt_pos_SN_mask.nii
├── rt_SN_mask.nii
├── rt_ant_SN_mask.nii
├── rt_mid_SN_mask.nii
└── rt_pos_SN_mask.nii

コード

以下のコードを実行すると、各被験者、各ROIごとのVolumeを計測し、まとめてresult_vol.txtとして出力する。

#!/bin/sh

count=0
for sub in *;do
    echo "$sub done..."
    count=$(( ${count}+1 ))
    if [ ${count} = 1 ]; then
        # redirect subject name (folder name)
        echo "ID" >> tmp_ID
    fi
    echo ${sub} >> tmp_ID

    for roi in lt_SN rt_SN lt_ant_SN rt_ant_SN lt_mid_SN rt_mid_SN lt_pos_SN rt_pos_SN VTA;do
        if [ ${count} = 1 ]; then
            # redirect ROI name
            echo "${roi}(mm^3)" > tmp_${roi}
            # calc ROI vol
            fslstats ${sub}/${roi}_mask -V |cut -d " " -f2 >> tmp_${roi}
        else
            # calc ROI vol
            fslstats ${sub}/${roi}_mask -V |cut -d " " -f2 >> tmp_${roi}
        fi
    done
done

# merge calc result
paste tmp* > result_vol.txt
# remove tmp files
rm tmp*

結果

result_vol.txtの中身は以下。 sub1~sub3は、同じデータを複製したものなので値は同じ。

ID	VTA(mm3)	lt_SN(mm3)	lt_ant_SN(mm3)	lt_mid_SN(mm3)	lt_pos_SN(mm3)	rt_SN(mm3)	rt_ant_SN(mm3)	rt_mid_SN(mm3)	rt_pos_SN(mm3)
sub_1	29.910278	293.009949	132.380676	104.685974	55.943298	304.087830	122.410583	106.347656	75.329590
sub_2	29.910278	293.009949	132.380676	104.685974	55.943298	304.087830	122.410583	106.347656	75.329590
sub_3	29.910278	293.009949	132.380676	104.685974	55.943298	304.087830	122.410583	106.347656	75.329590

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