
- 作者:斎藤勇哉
- 発売日: 2020/11/30
- メディア: Kindle版
目次
目的
FSLをつかったVOI (ROI) Volumeの計測。
Volume計算
Volume計算にはFSLコマンドのfslstatsを用いる。 -Vオプションでvoxel数とvolumeを計測できる。
-V : output
(for nonzero voxels)
$ fslstats lt_SN_mask.nii -V 529 293.009949
Volumeのみを取り出したい場合は、cutコマンドを用いる。
- -d : 区切り文字を指定
- f : 何個目の要素かを指定
このケースだと、空白(" ")で区切って(-d " ")、2個目の要素(-f2)であるVolumeを抽出。
$ fslstats lt_SN_mask.nii -V | cut -d " " -f2 293.009949
一括で計測する場合
フォルダ構造
3人の被験者がいて、以下のVOIのVolumeを計測する。
- VTA_mask.nii
- lt_SN_mask.nii
- lt_ant_SN_mask.nii
- lt_mid_SN_mask.nii
- lt_pos_SN_mask.nii
- rt_SN_mask.nii
- rt_ant_SN_mask.nii
- rt_mid_SN_mask.nii
- rt_pos_SN_mask.nii
. ├── sub_1 │ ├── 20171007_134045tse3t1Conc1p1Neuromelanins020a1001A.nii │ ├── MB.nii │ ├── VTA_mask.nii │ ├── kiritori.nii │ ├── lt_SN_mask.nii │ ├── lt_ant_SN_mask.nii │ ├── lt_mid_SN_mask.nii │ ├── lt_pos_SN_mask.nii │ ├── rt_SN_mask.nii │ ├── rt_ant_SN_mask.nii │ ├── rt_mid_SN_mask.nii │ └── rt_pos_SN_mask.nii ├── sub_2 │ ├── 20171007_134045tse3t1Conc1p1Neuromelanins020a1001A.nii │ ├── MB.nii │ ├── VTA_mask.nii │ ├── kiritori.nii │ ├── lt_SN_mask.nii │ ├── lt_ant_SN_mask.nii │ ├── lt_mid_SN_mask.nii │ ├── lt_pos_SN_mask.nii │ ├── rt_SN_mask.nii │ ├── rt_ant_SN_mask.nii │ ├── rt_mid_SN_mask.nii │ └── rt_pos_SN_mask.nii └── sub_3 ├── 20171007_134045tse3t1Conc1p1Neuromelanins020a1001A.nii ├── MB.nii ├── VTA_mask.nii ├── kiritori.nii ├── lt_SN_mask.nii ├── lt_ant_SN_mask.nii ├── lt_mid_SN_mask.nii ├── lt_pos_SN_mask.nii ├── rt_SN_mask.nii ├── rt_ant_SN_mask.nii ├── rt_mid_SN_mask.nii └── rt_pos_SN_mask.nii
コード
以下のコードを実行すると、各被験者、各ROIごとのVolumeを計測し、まとめてresult_vol.txtとして出力する。
#!/bin/sh count=0 for sub in *;do echo "$sub done..." count=$(( ${count}+1 )) if [ ${count} = 1 ]; then # redirect subject name (folder name) echo "ID" >> tmp_ID fi echo ${sub} >> tmp_ID for roi in lt_SN rt_SN lt_ant_SN rt_ant_SN lt_mid_SN rt_mid_SN lt_pos_SN rt_pos_SN VTA;do if [ ${count} = 1 ]; then # redirect ROI name echo "${roi}(mm^3)" > tmp_${roi} # calc ROI vol fslstats ${sub}/${roi}_mask -V |cut -d " " -f2 >> tmp_${roi} else # calc ROI vol fslstats ${sub}/${roi}_mask -V |cut -d " " -f2 >> tmp_${roi} fi done done # merge calc result paste tmp* > result_vol.txt # remove tmp files rm tmp*
結果
result_vol.txtの中身は以下。 sub1~sub3は、同じデータを複製したものなので値は同じ。
ID | VTA(mm3) | lt_SN(mm3) | lt_ant_SN(mm3) | lt_mid_SN(mm3) | lt_pos_SN(mm3) | rt_SN(mm3) | rt_ant_SN(mm3) | rt_mid_SN(mm3) | rt_pos_SN(mm3) |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
sub_1 | 29.910278 | 293.009949 | 132.380676 | 104.685974 | 55.943298 | 304.087830 | 122.410583 | 106.347656 | 75.329590 |
sub_2 | 29.910278 | 293.009949 | 132.380676 | 104.685974 | 55.943298 | 304.087830 | 122.410583 | 106.347656 | 75.329590 |
sub_3 | 29.910278 | 293.009949 | 132.380676 | 104.685974 | 55.943298 | 304.087830 | 122.410583 | 106.347656 | 75.329590 |
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