【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

Linux

【FSL】BEDPOSTXの使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 BEDPOSTX 例 目的 BEDPOSTXの利用方法の取得 BEDPOSTX BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。 さらに、ファイル名は次のようにして…

【FSL】TBSSで出た有意領域をマスクとして画像定量値を計測

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 ソースコード 目的 TBSS(Tract-Based Spatial Statistics)で出た有意領域をマスクとしてDiffusion mapなどの画像定量値を計測 ソースコード…

【FSL】Affine変換(平行移動+線形変換)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 必要なファイル 処理手順 複数被験者がいる場合 フォルダ構造 ソースコード 目的 異なる画像(NIFITI形式)の位置合わせをAffine変換(平行移…

【Linux】ファイルやフォルダを小分けにする方法

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 フォルダ構造 ソースコード 実行結果 目的 並列でプログラムを実行したい場合、データセットを小分けにしたい場合がある。小分けにする数が多…

【FSL】Atlas(アトラス)を1枚1枚はがして別々にする方法

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 atlasの用意 label listの作成 label_list.txt フォルダ構造 コード 結果 sub001フォルダ 目的 FSLを用いて、atlas(アトラス)のlabel(ラベル)…

【Linux】DICOMから被験者の情報を一括自動収集

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 はじめに 作業環境 dcmdump インストール 使い方 準備 実行 まとめ はじめに 200件ちかいMRIのDICOMから被験者の - 名前 - ID - 生年月日 - 性別 -…

【Deep Learning】SONY neural network consoleをCUIから実行

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 コード内容 準備 実行 実行例 脳SPECT 認知症分類 脳MRIからの年齢推定 コード内容 コード保存のため投稿。 コードは汚い。 SONYが開発した、neura…

【Bash】ファイル名一括変換

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 はじめに 実行 はじめに フォルダ構造が複雑であり、リネームしたいファイルが散らばっているときに有効なリネーム方法。 実行 この例だと、".nii.…

Singularityのインストール (Ubuntu 18.04 LTS)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 作業環境 Singularityのインストール手順 1. 必要なパッケージのインストール 2. Goのインストール 3. Singularityのインストール 4. Singula…

Dockerのインストール (Ubuntu 18.04 LTS)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 作業環境 古いDockerを削除 apt-getの更新と必要なパッケージをインストール Dockerの公式GPGキーを追加 aptリポジトリの設定 Dockerエンジン…

FSLを使った画像確認 QC

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 コマンド 実行 目的 FSLを使って処理した画像のQuality Check (QC)をする。 コマンド slicesdirを使用。 $ slicesdir Usage: slicesdir [-o] …

.mgzから.nii.gzに変換する方法

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 実行 目的 FreeSurferで出力されるファイルには、分画された皮質、白質の画像(VOI)がある。 しかしながら、それらのファイルの拡張子mgzはFre…

Google Colaboratoryの使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 Google Colaboratoryとは 利用制限 準備 ファイル名変更 シェルコマンド実行 ファイルのアップロード ファイルのダウンロード Google Driveのマウ…

【画像連結】画像をタイル状に並べる

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 画像の確認 画像の連結 目的 複数の画像をタイル上に並べて一枚の画像に見せる。 画像の確認 フォルダ内の画像はこちら。 $ ls -1 3105.T_sto…

FreeSurferの結果のまとめ方 ~aparc, aseg, wmparc, brainstem~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 フォルダ構造 aparcとasegのまとめ方 wmparcのまとめ方 Brain Stemの計測 出力結果 aparc (lhのみ) aseg wmparc brainstem 目的 被験者ごとの…

FSLを使ったVolumeの一括計測

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 Volume計算 一括で計測する場合 フォルダ構造 コード 結果 目的 FSLをつかったVOI (ROI) Volumeの計測。 Volume計算 Volume計算にはFSLコマン…