【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

2020-06-17から1日間の記事一覧

【FSL】ROI(VOI)を用いた画像計測

目的 関心領域ROI(VOI)内の画像の定量値を計測 計測コマンド FSLのfslstatsを使う。 各オプションは、以下の通り。 -K: 関心領域ROI -M: ROI内の平均値の算出 fslstats -K <ROI> <input> -M 複数人被験者がいる場合 複数人の被験者がいる場合、以下のようなフォルダ構</roi>…

【FSL】Affine変換(平行移動+線形変換)

目的 異なる画像(NIFITI形式)の位置合わせをAffine変換(平行移動+線形変換)を用いて実行する。 FSLを用いて実装します。 必要なファイル T1WI: t1.nii.gz QSMの元画像: qsm_raw.nii.gz QSMの定量マップ: qsm_map.nii.gz 大脳基底核のROI: basalganglia_…

【Linux】ファイルやフォルダを小分けにする方法

目的 並列でプログラムを実行したい場合、データセットを小分けにしたい場合がある。小分けにする数が多いほど手間がかかる。 そこで、以下を目的とする。 シェルスクリプトを使ってデータセット(ファイルやフォルダ)を小分けにする フォルダ構造 フォルダ…