【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

2020-03-01から1日間の記事一覧

FSLを使ったVolumeの一括計測

目的 FSLをつかったVOI (ROI) Volumeの計測。 Volume計算 Volume計算にはFSLコマンドのfslstatsを用いる。 -Vオプションでvoxel数とvolumeを計測できる。 -V : output (for nonzero voxels) $ fslstats lt_SN_mask.nii -V 529 293.009949 Volumeのみを取り出…

FreeSurferの結果のまとめ方 ~aparc, aseg, wmparc, brainstem~

目的 被験者ごとのFreeSurferの結果を、一つのエクセルファイルにまとめる。 フォルダ構造 フォルダ構造は以下の通り。 基本的には、FreeSurfer後のフォルダを一つのフォルダにまとめ、そのフォルダで作業する。 FreeSurferの出力であるstatsフォルダさえあ…

【Python】フォルダのみの一覧リストを取得

目的 ファイルやフォルダが混在しているときに、フォルダだけの一覧をリストにする。 フォルダの中身 フォルダの中身が以下のように、ファイルとフォルダが混在している場合。 $ ls file_1.txt file_3.txt folder_1 folder_3 file_2.txt file_4.txt folder_2…

QSM解析 ~MEDIの使い方~

目的 Cornell大学が開発したQSM software (MEDI)を使って解析 (Cornell MRI Research Lab. QSMより、URL: http://pre.weill.cornell.edu/mri/pages/qsm.html) 準備 MEDI toolboxのダウンロード こちらからMEDI_toolboxをダウンロード MEDI_toolboxの中身はこ…

【画像連結】画像をタイル状に並べる

目的 複数の画像をタイル上に並べて一枚の画像に見せる。 画像の確認 フォルダ内の画像はこちら。 $ ls -1 3105.T_stock.png 4151.T_stock.png 4502.T_stock.png 4503.T_stock.png 4506.T_stock.png 4507.T_stock.png 4519.T_stock.png 4523.T_stock.png 454…

AscendingやDescendingを加味したDICOMからPNG変換

目的 DICOMからPNGに変換 ただし、被験者によっては撮像の順番(Ascending, Descending)がばらばら PNGのファイル名は、Decendingを基準として番号をふる 準備 フォルダ構造はこのような感じ。 2000人分のフォルダがあり、それぞれの中に複数の画像が入ってい…