【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【Python】DICOMのソート処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 ソースコード : dcm_sconv.py 使い方 目的 様々なSeriesDescriptionで撮像されたDICOMデータを、SeriesDescriptionごとにフォルダ分け D…

【Slack API】自動いいね・ダイレクトメッセージ・投稿収集

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 準備 アクセストークンの取得 SlackチャンネルIDの確認 Slackのあるチャネル内の投稿に、自動いいね 使用するAPI コード 使用するAPI コード Slackから…

【脳MRI画像解析ケーススタディ】超解像AIの評価 ~大脳皮質解析の観点から~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 解析手法 1. 皮質厚計測 準備 実行 結果 2. 皮質厚評価 準備 実行 結果 各大脳皮質の分布:data_hist?.png Ground truthに対する相対誤…

【Python スクレイピング】投稿論文情報とインパクトファクターIFを取得

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 背景 方法 ① researchmapから、投稿した論文情報を取得 ② 雑誌のインパクトファクターIFを取得 ③ ①と②を結合して、投稿した論文とインパクト…

【Python】対応のあり・なし、パラメトリック・ノンパラメトリック検定と多重比較補正

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 data.csv ソースコード 結果 対応なし検定の結果(independent_result.csv) 目的 Pythonを使って、対応のあり・なし、パラメトリック・…

【Python】1要因で分類される対応のない多群の検定・事後検定(post hoc test)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 data.csv ソースコード 結果 パラメトリック検定の結果(para_result.csv) パラメトリック検定の結果(nonpara_result.csv) 目的 Py…

【画像認識】Pythonを使った物体抽出・切り取り

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 用意するデータ image001.jpg image002.jpg image003.jpg ソースコード a.sh 結果 目的 PyThonを用いて物体抽出・切り取りをする。具体的には…

【脳画像表示ソフト】MRIcronのインストールと使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 使用するソフトウェア 使い方 GUI版 CUI版 MRIcronの機能について 画像の重ね合わせ(Overlay) 画像の透明度の変更 ROI作成 ROIを使った記述…

【脳画像解析】Tract-Specific Analysis (TBSS)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに TBSSの処理内容 データ準備 GLMの準備 実行 結果 有意差の有無の確認(corrected_P_report.txt) 有意差のあった領域の確認(tbss[m…

【まとめ】MRI脳画像解析の基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 0. はじめの一歩 画像表示ソフト(Viewer)について MRIcron ITK-SNAP(準備中。。。) FSLeyes(準備中。。。) MRView(準備中。。。) Fre…

【脳画像定量値】脳構造解析 (FreeSurfer)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 FreeSurferの概要 準備するデータ 実行 結果 aparc.stats wmparc.stats 目的 構造MRI (3D-T1WI)から、の脳構造を解析 FreeSurferの概要 準備…

【脳画像定量値】自由水イメージング(Free-Water Imaging: FWI)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに 理論 準備するデータ 実行 すべてのb値を使う場合 b値を指定して使う場合 結果 目的 自由水イメージング(Free-Water Imaging: FWI…

【脳画像定量値】DKEを用いた拡散尖度イメージング

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 Diffusional Kurtosis Estimator (DKE) DKIの概要 準備するデータ b-vectorファイル b1000_bvecs.txt DKEParameters.dat 実行方法 結果 目的 …

【脳画像定量値】基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 導入 ソフトウェアの処理 準備するデータとディレクトリ構造 実行 結果 目的 脳画像解析における基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)を計算 …

【脳画像前処理】拡散MRIの前処理(歪み補正&頭の動き補正)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 脳画像解析における拡散MRIの問題点 磁化率効果に起因する画像の幾何学的歪み(位相エンコードをAP方向として撮像した場合) 撮像中の頭の動…

【脳画像前処理】DICOMをNIfTIに変換

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 使用するソフトウェア 使い方 GUI版 CUI版 目的 DICOMをNIfTIに変換 使用するソフトウェア Chris Rorden氏が配布しているdcm2niiを用いる。 …

【FreeSurfer】FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip 必要なデータ T1.nii.gz: 3D-T1WI $ ls T1.nii.gz 実行 fslreorient2stdでMNI152のOrientationに合わせ…

【FSL】XTRACTを用いたトラクトグラフィー

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 XTRACTを用いたトラクトグラフィー(Tractography) 主要白質路の抽出 XTRACT XTRACTの論文はこちら www.sciencedirect.com XTRACTのドキュメントはこち…

【FSL】FDT pipelineを用いた標準空間(MNI空間)への位置合わせ

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 FDT pipelineを用いて、個人のDiffusion画像と標準空間(MNI空間)の構造画像の位置合わせ 必要なファイル 必要なファイルは次の通り。 BEDPOSTXの使い…

【独立成分分析】FLICAを用いたマルチモーダル独立成分分析

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 リポジトリ 必要なデータ 注意点 実行 run_FLICA.sh 結果 index.html コンポーネントごとの結果(All_in_one_page) モダリティごとの結果(F…

【SPM】LinuxのターミナルからSPMを操作

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 リポジトリ 1_Applywarp_MNI2Subj 目的 必要なファイル ソースコード spm_util_deform_inv.m run.sh 目的 LinuxのターミナルからSPMを操作 リ…

【Python】箱ひげ図の作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 1つの図に3群の結果をプロット データ準備 ソースコード - 各定量値について、各被験者ごとにプロット 結果確認 Boxplot Boxplot_with_dot Vi…

【脳画像解析】拡散MRIを用いたDTI / Tractographyの基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 MRtrix3のインストール 拡散テンソルイメージング(DTI)解析 準備するデータ 前処理 DTI定量値の計算 FA MD AD RD Colur-encoded FA DTI定量…

【脳画像解析】DWI maskの作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 dwi2maskの使い方 データ準備 目的 DWIからDWIのmaskを生成 コマンドは、MRtrix3のdwi2maskを用いる dwi2maskの使い方 dwi2maskに必要なのは…

【初心者MRI画像解析】DTIFITを用いたDTI解析

FSL

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 DTIFITの基本的な使い方 データが一つの時 データが複数ある場合。 run.sh 目的 拡散MRIをDTIFITを用いてDTI解析 DTIFITの基本的な使い方 必…

【MRI画像解析】ラット・マウスデータに対する前処理から定量値計算まで

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 予備知識 準備 1. 前処理 rat_mround.py rat_preprocessing.sh 2. DTIおよびNODDI 3. DKI DKEParameters.dat b-vector files b1000_30dir.txt…

【FSL】BEDPOSTXの使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 BEDPOSTX 例 目的 BEDPOSTXの利用方法の取得 BEDPOSTX BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。 さらに、ファイル名は次のようにして…

【FSL】fslmathsの使ったROI解析

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 fslmaths binary maskを使う場合 index maskを使う場合 使用例 フォルダ構造 コード 結果 目的 MRIデータをROIを用いて計測 fslmaths fslmath…

【FSL】TBSSで出た有意領域をマスクとして画像定量値を計測

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 ソースコード 目的 TBSS(Tract-Based Spatial Statistics)で出た有意領域をマスクとしてDiffusion mapなどの画像定量値を計測 ソースコード…

【Python】スクレイピングで使うテキスト処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに スクレイピング tile.jpg JSONファイルからテキストを読み込み 取得したテキストの確認 投稿日の取得 投稿コメントの取得 すべての…