【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【脳MRI画像解析入門】FSLを用いた頭蓋除去 ~Skull-stripping~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 コマンド 使用例 結果 目的 脳画像解析で、対象となる領域は脳実質でありその他の骨・筋・脂肪・眼球等の組織は、解析する上でノイズとなる。そのため、…

【まとめ】脳MRI画像解析入門

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 はじめに 1. 脳画像解析の準備 2. 脳画像解析の実践 2.1. Viewer 2.2. 前処理 2.2.1. データ準備 2.2.2. 構造MRI 2.2.3. 拡散MRI 2.2.5. 機能的MRI 2.2.6. そ…

【脳MRI画像解析入門】RF/B1バイアス(信号ムラ)補正

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 コマンド 使用例 結果 目的 RF/B1バイアス(信号ムラ)補正 コマンド ここでは、FreeSurferの関数であるAntsN4BiasFieldCorrectionFsコマンドを用いて、…

【初心者・入門】Pythonを用いたデータ処理・統計(データサイエンス) ~チュートリアル~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 チュートリアル 0. 準備 1. データ取得 2. CSVファイルを読み込み Pandasを使ったデータフレーム(DataFrame)のアクセス 演算 3. 図示 Matplotlibを用…

【初心者・入門】Pythonの基本 ~チュートリアル~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 Pythonとは Python基本 コメントアウト 一行をコメントアウト 複数をまとめてコメントアウト 文字列の表示:print 四則演算 論理型(Boolean) 論理演算…

【初心者・入門】シェルスクリプト(bash)の基本 ~チュートリアル~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 シェルとは シェルスクリプトとは UNIX系OS(Linux, Mac)における基礎知識 パス(絶対パス・相対パス) 絶対パス 相対パス プログラミング言語は、英語…

【脳MRI画像解析入門】脳画像解析のための環境構築

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 はじめに Lin4Neuroに必要なPCのスペック 1. Lin4Neuroを動かすためのソフト(VirtualBox)をインストール 2. Lin4Neuro(ovaファイル)をダウンロード …

【脳MRI画像解析入門】MRIの概要

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 MRI理論 構造的画像(structural MRI: sMRI) 機能的画像(functional MRI: fMRI) 拡散画像(diffusion MRI: dMRI) 参考文献 目的 脳画像解析に、必要…

【脳MRI画像解析入門】脳画像解析の概要

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 脳画像解析とは 脳画像解析の種類と特徴 画像ファイル形式 DICOM(拡張子: .dcm) ANALYZE(拡張子: .hdr/.img) NIfTI(拡張子: .nii) 画像解析一連の流れ …

【脳MRI画像解析】ComBatをもちいたデータの調和(Harmonization)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 背景 準備 使用するデータ data.csv ソースコード Result 目的 多施設MRIデータに含まれる施設間差(MRI装置・撮像条件)の評価 ComBatを用いて施設間差…

【Python】ROC曲線の作成・AUC算出・最適なカットオフ値の決定・分類正確度 / 感度 / 特異度の算出まで

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 重要な関数 準備 コード 結果 ROC曲線 分類精度 混合行列(Confusion matrix) 目的 Pythonを使ってROC曲線を作成 Youden indexを用いて、最…

【脳MRI画像解析ケーススタディ】施設間差の評価 ~拡散定量値の観点から~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 背景 準備 解析手法 1. JHU atlasをSiteAデータに位置合わせ 準備 ソースコード 結果 2. 絶対差マップの生成とJHU atlasを用いたサンプリング…

【Python】DICOMのソート処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 ソースコード dcm2niiバージョン dcm2niixバージョン 使い方 目的 様々なSeriesDescriptionで撮像されたDICOMデータを、SeriesDescripti…

【Slack API】自動いいね・ダイレクトメッセージ・投稿収集

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 準備 アクセストークンの取得 SlackチャンネルIDの確認 Slackのあるチャネル内の投稿に、自動いいね 使用するAPI コード 使用するAPI コード Slackから…

【脳MRI画像解析ケーススタディ】超解像AIの評価 ~大脳皮質解析の観点から~

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 解析手法 1. 皮質厚計測 準備 実行 結果 2. 皮質厚評価 準備 実行 結果 各大脳皮質の分布:data_hist?.png Ground truthに対する相対誤…

【Python スクレイピング】投稿論文情報とインパクトファクターIFを取得

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 背景 方法 ① researchmapから、投稿した論文情報を取得 ② 雑誌のインパクトファクターIFを取得 ③ ①と②を結合して、投稿した論文とインパクト…

【Python】対応のあり・なし、パラメトリック・ノンパラメトリック検定と多重比較補正

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 data.csv ソースコード 結果 対応なし検定の結果(independent_result.csv) 目的 Pythonを使って、対応のあり・なし、パラメトリック・…

【Python】1要因で分類される対応のない多群の検定・事後検定(post hoc test)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 data.csv ソースコード 結果 パラメトリック検定の結果(para_result.csv) パラメトリック検定の結果(nonpara_result.csv) 目的 Py…

【画像認識】Pythonを使った物体抽出・切り取り

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 用意するデータ image001.jpg image002.jpg image003.jpg ソースコード a.sh 結果 目的 PyThonを用いて物体抽出・切り取りをする。具体的には…

【脳画像表示ソフト】MRIcronのインストールと使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 使用するソフトウェア 使い方 GUI版 CUI版 MRIcronの機能について 画像の重ね合わせ(Overlay) 画像の透明度の変更 ROI作成 ROIを使った記述…

【脳画像解析】Tract-Specific Analysis (TBSS)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに TBSSの処理内容 データ準備 GLMの準備 実行 結果 有意差の有無の確認(corrected_P_report.txt) 有意差のあった領域の確認(tbss[m…

【まとめ】MRI脳画像解析の基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 0. はじめの一歩 画像表示ソフト(Viewer)について MRIcron ITK-SNAP(準備中。。。) FSLeyes(準備中。。。) MRView(準備中。。。) Fre…

【脳画像定量値】脳構造解析 (FreeSurfer)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 FreeSurferの概要 準備するデータ 実行 結果 aparc.stats wmparc.stats 目的 構造MRI (3D-T1WI)から、の脳構造を解析 FreeSurferの概要 準備…

【脳画像定量値】自由水イメージング(Free-Water Imaging: FWI)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに 理論 準備するデータ 実行 すべてのb値を使う場合 b値を指定して使う場合 結果 目的 自由水イメージング(Free-Water Imaging: FWI…

【脳画像定量値】DKEを用いた拡散尖度イメージング

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 Diffusional Kurtosis Estimator (DKE) DKIの概要 準備するデータ b-vectorファイル b1000_bvecs.txt DKEParameters.dat 実行方法 結果 目的 …

【脳画像定量値】基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 導入 ソフトウェアの処理 準備するデータとディレクトリ構造 実行 結果 目的 脳画像解析における基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)を計算 …

【脳画像前処理】拡散MRIの前処理(歪み補正&頭の動き補正)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 脳画像解析における拡散MRIの問題点 磁化率効果に起因する画像の幾何学的歪み(位相エンコードをAP方向として撮像した場合) 撮像中の頭の動…

【脳画像前処理】DICOMをNIfTIに変換

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 使用するソフトウェア 使い方 GUI版 CUI版 目的 DICOMをNIfTIに変換 使用するソフトウェア Chris Rorden氏が配布しているdcm2niiを用いる。 …

【FreeSurfer】FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip 必要なデータ T1.nii.gz: 3D-T1WI $ ls T1.nii.gz 実行 fslreorient2stdでMNI152のOrientationに合わせ…

【FSL】XTRACTを用いたトラクトグラフィー

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 XTRACTを用いたトラクトグラフィー(Tractography) 主要白質路の抽出 XTRACT XTRACTの論文はこちら www.sciencedirect.com XTRACTのドキュメントはこち…