【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【脳画像定量値】DKEを用いた拡散尖度イメージング

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 Diffusional Kurtosis Estimator (DKE) DKIの概要 準備するデータ b-vectorファイル b1000_bvecs.txt DKEParameters.dat 実行方法 結果 目的 …

【脳画像定量値】基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 導入 ソフトウェアの処理 準備するデータとディレクトリ構造 実行 結果 目的 脳画像解析における基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)を計算 …

【脳画像前処理】拡散MRIの前処理(歪み補正&頭の動き補正)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 脳画像解析における拡散MRIの問題点 磁化率効果に起因する画像の幾何学的歪み(位相エンコードをAP方向として撮像した場合) 撮像中の頭の動…

【脳画像前処理】DICOMをNIfTIに変換

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 使用するソフトウェア 使い方 GUI版 CUI版 目的 DICOMをNIfTIに変換 使用するソフトウェア Chris Rorden氏が配布しているdcm2niiを用いる。 …

【FreeSurfer】FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 FreeSurferの3D-T1WI前処理を使ってSkull Strip 必要なデータ T1.nii.gz: 3D-T1WI $ ls T1.nii.gz 実行 fslreorient2stdでMNI152のOrientationに合わせ…

【FSL】XTRACTを用いたトラクトグラフィー

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 XTRACTを用いたトラクトグラフィー(Tractography) 主要白質路の抽出 XTRACT XTRACTの論文はこちら www.sciencedirect.com XTRACTのドキュメントはこち…

【FSL】FDT pipelineを用いた標準空間(MNI空間)への位置合わせ

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 FDT pipelineを用いて、個人のDiffusion画像と標準空間(MNI空間)の構造画像の位置合わせ 必要なファイル 必要なファイルは次の通り。 BEDPOSTXの使い…

【独立成分分析】FLICAを用いたマルチモーダル独立成分分析

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 リポジトリ 必要なデータ 注意点 実行 run_FLICA.sh 結果 index.html コンポーネントごとの結果(All_in_one_page) モダリティごとの結果(F…

【SPM】LinuxのターミナルからSPMを操作

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 リポジトリ 1_Applywarp_MNI2Subj 目的 必要なファイル ソースコード spm_util_deform_inv.m run.sh 目的 LinuxのターミナルからSPMを操作 リ…

【Python】箱ひげ図の作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 1つの図に3群の結果をプロット データ準備 ソースコード - 各定量値について、各被験者ごとにプロット 結果確認 Boxplot Boxplot_with_dot Vi…

【脳画像解析】拡散MRIを用いたDTI / Tractographyの基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 MRtrix3のインストール 拡散テンソルイメージング(DTI)解析 準備するデータ 前処理 DTI定量値の計算 FA MD AD RD Colur-encoded FA DTI定量…

【脳画像解析】DWI maskの作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 dwi2maskの使い方 データ準備 目的 DWIからDWIのmaskを生成 コマンドは、MRtrix3のdwi2maskを用いる dwi2maskの使い方 dwi2maskに必要なのは…

【初心者MRI画像解析】DTIFITを用いたDTI解析

FSL

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 DTIFITの基本的な使い方 データが一つの時 データが複数ある場合。 run.sh 目的 拡散MRIをDTIFITを用いてDTI解析 DTIFITの基本的な使い方 必…

【MRI画像解析】ラット・マウスデータに対する前処理から定量値計算まで

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 予備知識 準備 1. 前処理 rat_mround.py rat_preprocessing.sh 2. DTIおよびNODDI 3. DKI DKEParameters.dat b-vector files b1000_30dir.txt…

【FSL】BEDPOSTXの使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 BEDPOSTX 例 目的 BEDPOSTXの利用方法の取得 BEDPOSTX BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。 さらに、ファイル名は次のようにして…