【初心者向け】基礎&実践プログラミング

初心者がつまづきやすいところ、最短で実力が身につく方法をお伝えします。

【Python】箱ひげ図の作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 1つの図に3群の結果をプロット データ準備 ソースコード - 各定量値について、各被験者ごとにプロット 結果確認 Boxplot Boxplot_with_dot Vi…

【脳画像解析】拡散MRIを用いたDTI / Tractographyの基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 MRtrix3のインストール 拡散テンソルイメージング(DTI)解析 準備するデータ 前処理 DTI定量値の計算 FA MD AD RD Colur-encoded FA DTI定量…

【脳画像解析】DWI maskの作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 dwi2maskの使い方 データ準備 目的 DWIからDWIのmaskを生成 コマンドは、MRtrix3のdwi2maskを用いる dwi2maskの使い方 dwi2maskに必要なのは…

【初心者MRI画像解析】DTIFITを用いたDTI解析

FSL

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 DTIFITの基本的な使い方 データが一つの時 データが複数ある場合。 run.sh 目的 拡散MRIをDTIFITを用いてDTI解析 DTIFITの基本的な使い方 必…

【MRI画像解析】ラット・マウスデータに対する前処理から定量値計算まで

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 予備知識 準備 1. 前処理 rat_mround.py rat_preprocessing.sh 2. DTIおよびNODDI 3. DKI DKEParameters.dat b-vector files b1000_30dir.txt…

【FSL】BEDPOSTXの使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 BEDPOSTX 例 目的 BEDPOSTXの利用方法の取得 BEDPOSTX BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。 さらに、ファイル名は次のようにして…

【FSL】fslmathsの使ったROI解析

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 fslmaths binary maskを使う場合 index maskを使う場合 使用例 フォルダ構造 コード 結果 目的 MRIデータをROIを用いて計測 fslmaths fslmath…

【FSL】TBSSで出た有意領域をマスクとして画像定量値を計測

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 ソースコード 目的 TBSS(Tract-Based Spatial Statistics)で出た有意領域をマスクとしてDiffusion mapなどの画像定量値を計測 ソースコード…

【Python】スクレイピングで使うテキスト処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに スクレイピング tile.jpg JSONファイルからテキストを読み込み 取得したテキストの確認 投稿日の取得 投稿コメントの取得 すべての…

【FSL】MRI画像のレジストレーション(Registration)と関心領域(ROI)解析

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 JHU White-matter labels & tractography atlasでROI解析する方法 ディレクトリ構造 実行方法 ソースコード Desikan Killiany AtlasでROI解析…

【Python】バイオリンプロット(Violin Plot)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 データ(例:AIの予測値と正解値) PVHs.csv コード 実行結果 目的 Pythonのseabornを使ってバイオリンプロットを作成 データ(例:AIの予測…

【Python】カッパ(k)係数の計算

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 scikit-learnのインストール データの準備 label.csv ソースコード calc_kappa.py 実行 結果の解釈 Neural Network Consoleを使っている場合 …

【FSL】ROI(VOI)を用いた画像計測

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 計測コマンド 複数人被験者がいる場合 フォルダ構造 ソースコード 目的 関心領域ROI(VOI)内の画像の定量値を計測 計測コマンド FSLのfslsta…

【FSL】Affine変換(平行移動+線形変換)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 必要なファイル 処理手順 複数被験者がいる場合 フォルダ構造 ソースコード 目的 異なる画像(NIFITI形式)の位置合わせをAffine変換(平行移…

【Linux】ファイルやフォルダを小分けにする方法

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 フォルダ構造 ソースコード 実行結果 目的 並列でプログラムを実行したい場合、データセットを小分けにしたい場合がある。小分けにする数が多…